先日記述したとおりのパーツがひと通り揃った（RAIDカードは注文中なので除く）ので仮組みしてみました。

結論的には何も問題はありませんでした。

ただ、CentOS5.4ではNICやGPUにドライバが認識しませんでしたがCentOS5.6では普通に認識しました。

__追記__

HP SC40Ge(SAS3042EL)も設定すれば問題なく使える事が分かりました。

8月ぐらいには構築したいので構成を決めて想定されるなるべく正確な金額をだしてみました。
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ハードディスク
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Yahoo!オークション(ID:＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊)
WD3200JS 2,799円 x 4 *
送料 945円 *

合計 13,120円 *
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一般ユーザ向けサーバ
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ドスパラ
SILVERSTONE SST-GD05B 7,980円 *
HuntKey Jumper350 350W 3,980円 *
送料 740円 *

BESTDO! 通販部
P7H55-M 5,940円 *
送料 740円 *

Yahoo!オークション(ID:＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊)
HP SC40Ge(SAS3042EL) 3,990円 *
通常プラッタへの加工費 1,000円 *
SFF-8484 to SATAのケーブル 1,400円 *
送料 740円 *

合計 25,770円 *
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高負荷CGI専用サーバ
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購入予定
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EC-JOY
Core i5 680 BOX 25,679円
送料 450円

TSUKUMO
CMX8GX3M2A1600C9 8,380円
送料 0円

ドスパラ
SILVERSTONE SST-GD05B 7,980円
HuntKey Jumper350 350W 3,980円
送料 740円

BESTDO! 通販部
P7H55-M 5,940円
送料 740円

Yahoo!オークション(ID:＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊)
HP SC40Ge(SAS3042EL) 3,990円
通常プラッタへの加工費 1,000円
SFF-8484 to SATAのケーブル 1,400円
送料 740円

合計 61,019円
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* 印 購入完了

全て合わせて大体10万円くらいでしょうか高いです・・・当初の予想より遥かに高い金額・・・
それでも毎月何もしなくても3万円ほどの電気代が飛んでいることを考えれば・・・

省エネで処理能力を落とさず冗長性を保ち、なおかつLinuxに対応させる構成を決めるのは予想以上に大変です。
誰かマジで寄付してください！いくらでも喜びます＞ω＜。

インターネットで調べると皆必死にソースからmake installしてるサイトしか見当たらないので一応rpmパッケージもあるよと紹介しちゃいます。

とりあえずrpmをダウンロードしてきます。そして適当なUSBメモリーの直下に保存しましょう。
http://pkgs.org/download/centos-5-rhel-5/centos-rhel-x86_64/module-init-tools-3.3-0.pre3.1.60.el5_5.1.x86_64.rpm.html
http://pkgs.org/download/centos-5-rhel-5/elrepo-x86_64/kmod-jme-1.0.7.1-1.el5.elrepo.x86_64.rpm.html

そのままだとUSBメモリーをXS35に挿しても認識しないかと思いますので一応kudzuを起動しておきます。
# service kudzu start

毎回起動するのは面倒なので自動起動させちゃいます。
# chkconfig kudzu on

マウント先を作成します。
# mkdir /media/usb

マウントします。(私の環境では/dev/sdaとなってましたが各自合わせてください)
# mount /dev/sda /media/usb

マウント先に移動します。
# cd /media/usb

module-init-tools-3.3-0.pre3.1.60.el5_5.1.x86_64.rpmをインストールします。
# rpm -Uvh module-init-tools*.rpm

kmod-jme-1.0.7.1-1.el5.elrepo.x86_64.rpmをインストールします。
# rpm -Uvh kmod-jme*.rpm

毎回USBメモリーをマウントしてインストールするのは面倒なのでとりあえずrootディレクトリにコピーしておきます。
# cp module-init-tools*.rpm /root/
# cp kmod-jme*.rpm /root/

アンマウントするために戻りましょう。
# cd

USBをアンマウントして取り外します。
# umount /media/usb

これでドライバのインストールは完了しました。system-config-networkでもrebootでもお好きにどうぞ。

他のサイトのソースからビルドするやり方は一斉にパッケージをアップデートするとドライバが外れてNICが認識されなくなってしまうようですが上記のやり方ならそのような事はありませんでした。

参考
Shuttle XS35にCentOS5.5を導入して無音サーバ構築 （CentOS導入編)
Shuttle XS35買ってきたよ　CentOSインストール
OpenVPN専用サーバ作成

Atomの省エネサーバを構築しバックアップサーバとして動かす為に色々調べていましたがXS35が今販売されている中で最も安くバランスがいいのではないかと考えたので購入してみました。

XS35は1万5千円ほど
HDD 500G 5400rpmが5千円ほど
DDR2 2G 800が3千円ほど
スリムマルチDVDドライブが3千円ほどで計2万6千円くらいでした

本当に音がしないのでいいのですが
これそのままCentOSをインストールしてもNICが認識されないのでドライバを自分で入れないと行けないようです。

ダウンロードして展開する
# wget ftp://ftp.delegate.org/pub/DeleGate/delegate9.9.7.tar.gz
# tar zxvf delegate9.9.7.tar.gz
# cd delegate9.9.7
# make ← 途中で管理者宛のメールアドレスを聞かれるので入力してEnterを押す
作成された実行ファイルをコピーする
# cp src/delegated /usr/local/sbin/
コピーした実行ファイルにハードリンクを貼る
# ln /usr/local/sbin/delegated /usr/sbin/delegated
設定ファイル格納用のディレクトリを作成する
# mkdir /etc/delegate
キャッシュ格納用ディレクトリを作成してその他フォルダのパーミッションを設定する
# mkdir /var/spool/delegate-nobody/cache
# chown nobody:nobody /var/spool/delegate-nobody
# chown nobody:nobody /var/spool/delegate-nobody/*
# chmod 755 /var/spool/delegate-nobody
# chmod 755 /var/spool/delegate-nobody/*
serviceコマンドで管理できるように起動ファイルを作成する
# vi /etc/init.d/delegated

#!/bin/sh
#
# chkconfig: 35 90 10
# description: delegated ftp proxy
# processname: delegated
# config: /etc/delegate/*.conf

DELEGATE=/usr/sbin/delegated
CONFDIR=/etc/delegate
DGROOT=/var/spool/delegate-nobody

if [ ! -x $DELEGATE ]; then
    echo -n $"$DELEGATE does not exist."; warning; echo
    exit 0
fi

if [ ! -r $CONFDIR ]; then
    echo -n $"$CONFDIR does not exist."; warning; echo
    exit 0
fi

RETVAL=0
start() {
        echo -n $"Starting up Http DeleGate daemon: "
        for CONFIG in $CONFDIR/*.conf ; do
          $DELEGATE DGROOT=$DGROOT +=$CONFIG
          echo
        done
        return 0
}

stop() {
        echo -n $"Shutting down Http DeleGate daemon: "
        for CONFIG in $CONFDIR/*.conf ; do
          $DELEGATE DGROOT=$DGROOT +=$CONFIG -Fkill
          echo
        done
        return 0
}

restart() {
        stop
        start
}

# See how we were called.
case "$1" in
  start)
        start
        ;;
  stop)
        stop
        ;;
  restart)
        restart
        ;;
  *)
        echo "Usage: $0 {start|stop|restart}"
        exit 1
esac

exit 0

Proxyの設定例
※ あまり紹介しているところもなくマニュアルを読みながらの設定なので色々他のサイトの設定例とは違うかも・・・・
あと設定に実用的な意図はありません。リバースプロキシ(キャッシュサーバ)の動作確認だけです。

# ポート番号
-P8080
SERVER=http
# オリジナルサーバとの関連性についての設定
MOUNT="/* https://www.orsx.net/* vhost=-www1.orsx.net"
REACHABLE=27.96.63.202
MOUNT="/* http://www.xrsp.net/* vhost=-www2.orsx.net"
REACHABLE=27.96.63.203
RELIABLE="*" # 接続元の制限をしない
CACHE=do # キャッシュサーバとしての機能を持たすためキャッシュを取る
EXPIRE=3d　# キャッシュの期限を3日と指定
CRON="0 2 * * * -expire 30d" # ログテーションを30日と指定
# ログフォーマット
CACHEFILE='$[server:%P]/$[hash:%H]/$[server:%L/%p]'
# ログファイルの形式
LOGFILE='${LOGDIR}/${PORT}[date+%d]'
PROTOLOG='${LOGDIR}/${PORT}/[date+%d].${PROTO}'
CONNECT=c,d:*:*:* # キャッシュを調べてからサーバに取りに行く
MOUNT="/favicon.ico =" #ファビコンを勝手に返さない
# エラーページにオリジナルのメッセージを表示する
MOUNT="/-/* /var/spool/delegate-nobody/tmp/forbidden.dhtml"
# Delegateのバージョンを非表示にする
DGSIGN="V.x.x/Y.x.x"
# 管理者の連絡先
ADMIN=orbit@mail.ほげほげ.net